Zotero et la recherche documentaire

Zotero est un standard de la recherche documentaire. Il est publié sous licence libre GNU AGPL v3. Le logiciel permet notamment de regrouper, d'organiser et de commenter des références de publications scientifiques.

À l'aide du connecteur Chrome, on peut même insérer un article intéressant directement dans notre base de données locale, sans quitter la navigation web. Si le papier est diffusé librement, ou si vous êtes connecté à votre bibliothèque universitaire, le connecteur se chargera également de rapatrier le fichier PDF pour une consultation ultérieure. Voici comment j'ai utilisé Zotero en complément du moteur de recherche PubMed.

La "Query box" de PubMed

Il s'agit de la zone de recherche avancée dans laquelle on peut saisir des termes de recherche, qu'on coordonnera à l'aide des mots clés OR, AND et NOT :

(performance OR evaluation OR efficacy OR assessment 
    OR comparison OR predict* OR benefit)
    AND (hearing aid*)
    NOT (cochlear implant)
    AND (noise reduc* OR denois* OR de-noise OR signal-to-noise ratio OR SNR)
    AND (speech*)

Aller sur PubMed

L'interface générera d'elle-même des alternatives aux termes de recherche. Par exemple, la première notion de "performance" est automatiquement doublée par les mots "perform", "performable", "performance", "performances", "performative", "performatively", "performatives", "performativities", "performativity", "performed", "performer", "performers", "performing" et "performs".

L'acquisition des sources

Dans Zotero, j'ai organisé les dossiers par source :

1. Le dossier PubMed contient donc tous les articles en provenance de ce moteur de recherche.
2. Certains articles étant eux-mêmes une compilation d'autres sources, ils sont déposés dans leurs propres dossiers.
3. J'ai aussi intégré la bibliographie des mémoires d'audioprothèse et des thèses de médecine proches de mon sujet.

Les marqueurs

Une fois qu'on a défini le plan du mémoire, on peut passer au marquage des articles dans Zotero. Les marqueurs font toute la puissance du logiciel. J'ai choisi de créer les intitulés suivants, selon la provenance et la destination des articles dans mon écrit :

• Source
  • source:recherches : articles qui proviennent de PubMed,
  • source:memoire-audio : cités dans des mémoires d'audioprothèse antérieurs,
  • source:documents-pro : lus dans publications professionnels (rapports, livres blancs, posters, etc.),
• Dossier
  • dossier:delerce-blog-comparaison : en citation d'un article de blog de Xavier Delerce,
  • dossier:lesimple-livre-blanc : dans le livre blanc Bernafon de Chistophe Lesimple,
  • [...]
• Destination
  • dest:1.1-contexte : à citer dans ma première partie,
  • dest:1.2-problematique : idem,
  • [...]
  • dest:5.2-jusquou-clinique : idem, chapitre 5,
  • dest:biblio : tout article qui figurera dans ma bibliographie,
• Tag
  • tag:ficher-lecture : ai-je rédigé une fiche de lecture ou non ?
  • tag:hors-sujet : s'agit-il d'un hors-sujet ?

En combinant ces marqueurs, et y associant une couleur à chacun, la manipulation des références devient un jeu d'enfant.

Le fichier de bibliographie

Grâce à ce travail liminaire, la création du fichier de bilbiographie devient simple elle aussi. Il suffit de sélectionner le marqueur dest:biblio pour afficher les articles concernés dans la fenêtre centrale. On les sélectionne tous (Ctrl + A), puis on va dans Fichier > Exporter la bibliothèque. Là, on choisit le format BibTex et on obtient notre fichier bibliographie.bib.

@article{may_signal-noise-ratio-aware_2018,
        title = {Signal-to-{Noise}-{Ratio}-{Aware} {Dynamic} {Range} {Compression} in {Hearing} {Aids}},
        volume = {22},
        issn = {2331-2165},
        doi = {10.1177/2331216518790903},
        abstract = {Fast-acting dynamic range compression is a level-dependent amplification scheme [...]},
        language = {eng},
        journal = {Trends in Hearing},
        author = {May, Tobias and Kowalewski, Borys and Dau, Torsten},
        month = dec,
        year = {2018},
        pmid = {30117366},
        pmcid = {PMC6100123},
        keywords = {Humans, Speech Perception, Hearing Aids, Noise, Signal-To-Noise Ratio, Time Factors, hearing-aid signal processing, signal-to-noise ratio, wide dynamic range compression},
        pages = {2331216518790903},
        file = {May et al. - 2018 - Signal-to-Noise-Ratio-Aware Dynamic Range Compress.pdf:/home/benoit/Zotero/storage/73SVBMCC/May et al. - 2018 - Signal-to-Noise-Ratio-Aware Dynamic Range Compress.pdf:application/pdf},
}

Consulter l'article Export final pour en savoir plus sur l'arborescence des fichiers et sur la génération du mémoire.