Mon mémoire a été sélectionné pour concourir au Prix 2021 du Collège National d'Audioprothèse pour l'école de Bordeaux. S'il n'a pas été primé, on m'a demandé d'en faire un résumé pour une publication dans les Cahiers de l'Audition.

La difficulté a été de réduire le volume de cette revue de littérature de 76 pages à 11, sans perdre le fil de la construction par chapitre. Première coupe importante, j'ai supprimé les rappels théoriques. Si je retirais encore la page de garde, les remerciements, la table des matières, les listes des figures, des tableaux et des abréviations, l'introduction, les annexes 1 & 2, alors je tombais à 31 pages. Il restait donc à réduire de ⅔.

Finalement, nous retrouverons l'article à la page 15 du numéro 2 des Cahiers de l'Audition 2023.

Zotero est un standard de la recherche documentaire. Il est publié sous licence libre GNU AGPL v3. Le logiciel permet notamment de regrouper, d'organiser et de commenter des références de publications scientifiques.

À l'aide du connecteur Chrome, on peut même insérer un article intéressant directement dans notre base de données locale, sans quitter la navigation web. Si le papier est diffusé librement, ou si vous êtes connecté à votre bibliothèque universitaire, le connecteur se chargera également de rapatrier le fichier PDF pour une consultation ultérieure. Voici comment j'ai utilisé Zotero en complément du moteur de recherche PubMed.

La "Query box" de PubMed

Il s'agit de la zone de recherche avancée dans laquelle on peut saisir des termes de recherche, qu'on coordonnera à l'aide des mots clés OR, AND et NOT :

(performance OR evaluation OR efficacy OR assessment 
    OR comparison OR predict* OR benefit)
    AND (hearing aid*)
    NOT (cochlear implant)
    AND (noise reduc* OR denois* OR de-noise OR signal-to-noise ratio OR SNR)
    AND (speech*)

Aller sur PubMed

L'interface générera d'elle-même des alternatives aux termes de recherche. Par exemple, la première notion de "performance" est automatiquement doublée par les mots "perform", "performable", "performance", "performances", "performative", "performatively", "performatives", "performativities", "performativity", "performed", "performer", "performers", "performing" et "performs".

L'acquisition des sources

Dans Zotero, j'ai organisé les dossiers par source :

1. Le dossier PubMed contient donc tous les articles en provenance de ce moteur de recherche.
2. Certains articles étant eux-mêmes une compilation d'autres sources, ils sont déposés dans leurs propres dossiers.
3. J'ai aussi intégré la bibliographie des mémoires d'audioprothèse et des thèses de médecine proches de mon sujet.

Les marqueurs

Une fois qu'on a défini le plan du mémoire, on peut passer au marquage des articles dans Zotero. Les marqueurs font toute la puissance du logiciel. J'ai choisi de créer les intitulés suivants, selon la provenance et la destination des articles dans mon écrit :

• Source
  • source:recherches : articles qui proviennent de PubMed,
  • source:memoire-audio : cités dans des mémoires d'audioprothèse antérieurs,
  • source:documents-pro : lus dans publications professionnels (rapports, livres blancs, posters, etc.),
• Dossier
  • dossier:delerce-blog-comparaison : en citation d'un article de blog de Xavier Delerce,
  • dossier:lesimple-livre-blanc : dans le livre blanc Bernafon de Chistophe Lesimple,
  • [...]
• Destination
  • dest:1.1-contexte : à citer dans ma première partie,
  • dest:1.2-problematique : idem,
  • [...]
  • dest:5.2-jusquou-clinique : idem, chapitre 5,
  • dest:biblio : tout article qui figurera dans ma bibliographie,
• Tag
  • tag:ficher-lecture : ai-je rédigé une fiche de lecture ou non ?
  • tag:hors-sujet : s'agit-il d'un hors-sujet ?

En combinant ces marqueurs, et y associant une couleur à chacun, la manipulation des références devient un jeu d'enfant.

Le fichier de bibliographie

Grâce à ce travail liminaire, la création du fichier de bilbiographie devient simple elle aussi. Il suffit de sélectionner le marqueur dest:biblio pour afficher les articles concernés dans la fenêtre centrale. On les sélectionne tous (Ctrl + A), puis on va dans Fichier > Exporter la bibliothèque. Là, on choisit le format BibTex et on obtient notre fichier bibliographie.bib.

@article{may_signal-noise-ratio-aware_2018,
        title = {Signal-to-{Noise}-{Ratio}-{Aware} {Dynamic} {Range} {Compression} in {Hearing} {Aids}},
        volume = {22},
        issn = {2331-2165},
        doi = {10.1177/2331216518790903},
        abstract = {Fast-acting dynamic range compression is a level-dependent amplification scheme [...]},
        language = {eng},
        journal = {Trends in Hearing},
        author = {May, Tobias and Kowalewski, Borys and Dau, Torsten},
        month = dec,
        year = {2018},
        pmid = {30117366},
        pmcid = {PMC6100123},
        keywords = {Humans, Speech Perception, Hearing Aids, Noise, Signal-To-Noise Ratio, Time Factors, hearing-aid signal processing, signal-to-noise ratio, wide dynamic range compression},
        pages = {2331216518790903},
        file = {May et al. - 2018 - Signal-to-Noise-Ratio-Aware Dynamic Range Compress.pdf:/home/benoit/Zotero/storage/73SVBMCC/May et al. - 2018 - Signal-to-Noise-Ratio-Aware Dynamic Range Compress.pdf:application/pdf},
}

Consulter l'article Export final pour en savoir plus sur l'arborescence des fichiers et sur la génération du mémoire.

Le modèle que j'ai utilisé a été créé par Tom Pollard et al. en 2016 et publié sous licence MIT.

Tom Pollard et al. (2016). Template for writing a PhD thesis in Markdown. Zenodo. dx.doi.org/10.5281/zenodo.58490

Une fois modifiée pour mes propres besoins, l'architecture des fichiers devient celle-ci :

├── filter.lua
├── install.sh
├── Makefile
├── output
│   ├── index.html
│   ├── memoire_audio_bdx_bl.docx
│   ├── memoire_audio_bdx_bl.html
│   ├── memoire_audio_bdx_bl.pdf
│   ├── memoire_audio_bdx_bl.tex
│   └── source
│       ├── figures
│       │   ├── [...].jpg
│       │   ├── [...].png
│       └── images
│           ├── department_logo.jpg
│           └── univ_logo.png
├── pandoc.log
├── README.md
├── source
│   ├── 01_remerciements.md
│   ├── 02_avant-propos.md
│   ├── 03_table_matieres.md
│   ├── 04_liste_figures.md
│   ├── 05_liste_tableaux.md
│   ├── 06_liste_sigles_abreviations.md
│   ├── 07_chapitre_1.md
│   ├── 08_chapitre_2.md
│   ├── 09_chapitre_3.md
│   ├── 10_chapitre_4.md
│   ├── 11_chapitre_5.md
│   ├── 12_conclusion.md
│   ├── 13_annexe_1.md
│   ├── 14_annexe_2.md
│   ├── 15_annexe_3.md
│   ├── 16_bibiographie.md
│   ├── bibliographie.bib
│   ├── figures
│   │   ├── [...].jpg
│   │   ├── [...].png
│   ├── images
│   │   ├── department_logo.jpg
│   │   └── univ_logo.png
│   └── metadata.yml
└── style
    ├── apa.csl
    ├── department_logo.jpg
    ├── preamble.tex
    ├── style.css
    ├── template.html
    ├── template.tex
    └── univ_logo.eps

Contenu en LaTeX

Remarquons que la page de garde et la quatrième de couverture n'ont pas de fichiers Markdown associés, car elles sont formatées en LaTeX dans le modèles style/template.tex.

Voici la partie de ce fichier qui débute le document, définit les marges puis affiche le titre et le sous-titre :

\begin{document}
\newgeometry{top=1cm,bottom=2cm,left=1.5cm,right=1.5cm}
\begin{titlepage}
    \begin{center}

    % logos université
    \includegraphics[width=0.45\textwidth]{style/univ_logo.eps}
    \hfill
    \includegraphics[width=0.45\textwidth]{style/department_logo.jpg}

        \vspace*{1.5cm}

        \huge
        \definecolor{bleu}{rgb}{0, 0.61, 0.88}
        \textcolor{bleu}{$title$}

        $if(subtitle)$
        \vspace{.5cm}

Contenu en Markdown

Dans le dossier source, les fichiers sont numérotés car ils seront insérés dans cet ordre dans le fichier final. Prenons l'exemple du fichier 07_chapitre_1.md, dont voici les premières lignes :

\newpage
\setcounter{page}{1} 
\pagenumbering{arabic}

# Introduction

> Afin d’introduire le contexte et le sujet de recherche développés dans ce mémoire, nous allons présenter le plan des chapitres qui répond aux questions du sous-titre. Les deux premières questions vont permettre de situer l'étude dans la littérature actuelle ; les deux questions suivantes aboutiront à la confrontation d'études cliniques.

## Contexte

\hypertarget{pourquoi}{%
\noindent\textbf{Pourquoi ?} Pour quelles raisons physiologiques cherche-t-on à améliorer le RSB ?}\label{pourquoi}
\addcontentsline{toc}{subsubsection}{Pourquoi ?}
 

On comprend que les sources Markdown peuvent contenir directement des commandes LaTeX à l'intérieur. Voyons en détail ce que signifient ces commandes qui débutent par un backslash :

• \newpage : créer nouvelle page (!),
• \setcounter{page}{1} : redémarrer le comptage des pages à 1,
• \pagenumbering{arabic} : utiliser des chiffres arabes à partir d'ici (les pages précédentes étaient numérotées en chiffres romains),
• \hypertarget(pourquoi) : générer une ancre et la nommer,
• \noindent\textbf{Pourquoi ?} Pour quelles raisons [...]}\label{pourquoi} : écrire le titre en gras et y associer le label,
• \addcontentsline{toc}{subsubsection}{Pourquoi ?} : ajouter la section dans la table des matières au niveau N-2.

Voilà à quoi ressemblent toutes les sources du mémoire en Markdown. Le fichiers .md peuvent être édités avec un éditeur de texte simple ou dédié, avec un aperçu direct du rendu. Une liste des logiciels libres compatibles peut être trouvée sur Framalibre.

Moi, j'ai tout écrit sous vim !

Le sujet de recherche du mémoire "Amélioration du RSB en sortie d’aides auditives" s'est fondé sur la lecture d'un poster de Christophe Lesimple, alors chercheur en audiologie clinique au sein de Bernafon. Il a depuis intégré le groupe Sonova pendant la rédaction du mémoire.

Voir le poster

Ce poster est intitulé :

"Hearing aid performance characterized by apparent SNR estimation to predict speech intelligibility in noise with hearing impaired listeners"

que je traduirais par :

"Performance des aides auditives caractérisée par l'estimation du RSB apparent pour prédire l'intelligibilité de la parole dans le bruit par les malentendants".

Xavier Delerce en avait fait le sujet du fameux article de blog "Les Aventuriers de la cible perdu". Cette notion de "Target Loss", présente dans les deux sources et que j'ai traduit par "perte de gain cible", représente la difficulté - à cause de la compression - à maintenir un gain correct sur le signal dans des situations peu bruyantes.

Christophe Lesimple faisait cette conclusion :

"The SNR range where the test HA reduces the target loss corresponds to the SNR range where the differences in intelligibility are maximized."

Ce qui donne :

"La gamme de RSB dans laquelle l'aide auditive testée réduit la perte de gain cible correspond à la gamme de RSB dans laquelle la différence en intelligibilité est maximisée."

Cette légère ambivalence sur la signification du terme "Target Loss" a été le déclencheur de mes recherches, pour en savoir plus.

Plan du mémoire

Ce n'est qu'en élargissant mes recherches sur la base PubMed que j'ai décidé de synthétiser le sujet autour de l'amélioration du RSB. Il en ressortait :

• une immense quantité de résultats,
• des conclusions très variables et subjectives,
• peu de standard dans les méthodes.

La question du "Target Loss" est logiquement devenue une sous-partie du plan.

Amélioration du RSB en sortie d’aides auditives :

Pourquoi – pour quelles raisons physiologiques la cherche-t-on ?

Comment – par quels moyens techniques y parvient-on ?

Combien – quelles sont les métriques cliniques et techniques utilisées pour la mesurer ?

Jusqu’où – quelles en sont les limites objectives et subjectives ?