Architecture de la source

Le modèle que j'ai utilisé a été créé par Tom Pollard et al. en 2016 et publié sous licence MIT.

Tom Pollard et al. (2016). Template for writing a PhD thesis in Markdown. Zenodo. dx.doi.org/10.5281/zenodo.58490

Une fois modifiée pour mes propres besoins, l'architecture des fichiers devient celle-ci :

├── filter.lua
├── install.sh
├── Makefile
├── output
│   ├── index.html
│   ├── memoire_audio_bdx_bl.docx
│   ├── memoire_audio_bdx_bl.html
│   ├── memoire_audio_bdx_bl.pdf
│   ├── memoire_audio_bdx_bl.tex
│   └── source
│       ├── figures
│       │   ├── [...].jpg
│       │   ├── [...].png
│       └── images
│           ├── department_logo.jpg
│           └── univ_logo.png
├── pandoc.log
├── README.md
├── source
│   ├── 01_remerciements.md
│   ├── 02_avant-propos.md
│   ├── 03_table_matieres.md
│   ├── 04_liste_figures.md
│   ├── 05_liste_tableaux.md
│   ├── 06_liste_sigles_abreviations.md
│   ├── 07_chapitre_1.md
│   ├── 08_chapitre_2.md
│   ├── 09_chapitre_3.md
│   ├── 10_chapitre_4.md
│   ├── 11_chapitre_5.md
│   ├── 12_conclusion.md
│   ├── 13_annexe_1.md
│   ├── 14_annexe_2.md
│   ├── 15_annexe_3.md
│   ├── 16_bibiographie.md
│   ├── bibliographie.bib
│   ├── figures
│   │   ├── [...].jpg
│   │   ├── [...].png
│   ├── images
│   │   ├── department_logo.jpg
│   │   └── univ_logo.png
│   └── metadata.yml
└── style
    ├── apa.csl
    ├── department_logo.jpg
    ├── preamble.tex
    ├── style.css
    ├── template.html
    ├── template.tex
    └── univ_logo.eps

Contenu en LaTeX

Remarquons que la page de garde et la quatrième de couverture n'ont pas de fichiers Markdown associés, car elles sont formatées en LaTeX dans le modèles style/template.tex.

Voici la partie de ce fichier qui débute le document, définit les marges puis affiche le titre et le sous-titre :

\begin{document}
\newgeometry{top=1cm,bottom=2cm,left=1.5cm,right=1.5cm}
\begin{titlepage}
    \begin{center}

    % logos université
    \includegraphics[width=0.45\textwidth]{style/univ_logo.eps}
    \hfill
    \includegraphics[width=0.45\textwidth]{style/department_logo.jpg}

        \vspace*{1.5cm}

        \huge
        \definecolor{bleu}{rgb}{0, 0.61, 0.88}
        \textcolor{bleu}{$title$}

        $if(subtitle)$
        \vspace{.5cm}

Contenu en Markdown

Dans le dossier source, les fichiers sont numérotés car ils seront insérés dans cet ordre dans le fichier final. Prenons l'exemple du fichier 07_chapitre_1.md, dont voici les premières lignes :

\newpage
\setcounter{page}{1} 
\pagenumbering{arabic}

# Introduction

> Afin d’introduire le contexte et le sujet de recherche développés dans ce mémoire, nous allons présenter le plan des chapitres qui répond aux questions du sous-titre. Les deux premières questions vont permettre de situer l'étude dans la littérature actuelle ; les deux questions suivantes aboutiront à la confrontation d'études cliniques.

## Contexte

\hypertarget{pourquoi}{%
\noindent\textbf{Pourquoi ?} Pour quelles raisons physiologiques cherche-t-on à améliorer le RSB ?}\label{pourquoi}
\addcontentsline{toc}{subsubsection}{Pourquoi ?}
 

On comprend que les sources Markdown peuvent contenir directement des commandes LaTeX à l'intérieur. Voyons en détail ce que signifient ces commandes qui débutent par un backslash :

• \newpage : créer nouvelle page (!),
• \setcounter{page}{1} : redémarrer le comptage des pages à 1,
• \pagenumbering{arabic} : utiliser des chiffres arabes à partir d'ici (les pages précédentes étaient numérotées en chiffres romains),
• \hypertarget(pourquoi) : générer une ancre et la nommer,
• \noindent\textbf{Pourquoi ?} Pour quelles raisons [...]}\label{pourquoi} : écrire le titre en gras et y associer le label,
• \addcontentsline{toc}{subsubsection}{Pourquoi ?} : ajouter la section dans la table des matières au niveau N-2.

Voilà à quoi ressemblent toutes les sources du mémoire en Markdown. Le fichiers .md peuvent être édités avec un éditeur de texte simple ou dédié, avec un aperçu direct du rendu. Une liste des logiciels libres compatibles peut être trouvée sur Framalibre.

Moi, j'ai tout écrit sous vim !